游戏中隐藏着众多特殊的机体和角色。例如，要解锁“尼高尔&迅雷高达”，玩家需要在第30话“女神的梦境，战神的野心”中击坠迅雷高达，并在后续几话中满足一系列条件，包括击坠特定敌人和选择正确的剧情分支。这些条件不仅考验玩家的战斗技巧，还考验着他们对游戏剧情的熟悉程度。
游戏中还有诸多换装部件和特殊武器等待玩家发掘。例如，“强袭高达IWSP”的换装部件，需要玩家在卡嘉丽临时加入时击坠数达到5以上，并在第46话出击准备时入手。这些换装部件不仅提升了机体的性能，还使得战斗更加多样化。
除了机体和角色，游戏中还隐藏着一些特殊的剧情和对话。例如，在满足特定条件后，玩家可以在第42话“拂晓的闪光”中听到尼高尔和托鲁的对话，这些对话不仅丰富了游戏的故事情节，还增加了角色的深度。
值得一提的是，游戏中还存在一些恶性的死机BUG，如第44话和53话中的特定情况。但幸运的是，这些BUG都有相应的解决方法，玩家只需稍微调整战斗策略即可避免。
《超级机器人大战W》的隐藏元素为游戏增添了无尽的乐趣和挑战。无论是追求完美的机体收集者，还是热衷于探索剧情的玩家，都能在游戏中找到属于自己的乐趣。